Ahto Salumets kaitseb doktoritööd „Bioinformatics analysis of various aspects in immunology“

3. mail kell 12.15 kaitseb Ahto Salumets informaatika erialal doktoritööd „Bioinformatics analysis of various aspects in immunology“ („Immunoloogia erinevate tahkude bioinformaatiline analüüs“).

Juhendajad: 
professor Hedi Peterson, Tartu Ülikool
professor Pärt Peterson, Tartu Ülikool

Oponendid:
kaasprofessor Benjamin Fairfax, Oxfordi Ülikool (Ühendkuningriik)
abiprofessor Can Kesmir, Utrechti Ülikool (Holland)

Kokkuvõte
Bioinformaatika on interdistsiplinaarne valdkond, mis on segu nii bioloogiast, statistikast kui ka arvutiteadusest. Doktoritöös kasutasime bioinformaatilist analüüsi vastamaks mitmesugustele immunoloogilistele küsimustele. 

Üks töösse kaasatud artiklitest keskendus erinevate T-raku alatüüpide kirjeldamisele. T-rakud on adaptiivse immuunsüsteemi rakud, mis on olulised nii patogeenide eemaldamisel kui ka immunoloogilise mälu kujunemisel. Täpsemalt olid fookuses CD8+ TEMRA rakud, mida on varasemalt seostatud mitmesuguste haigustega. Töös kirjeldasime selle rakutüübi seoseid muu hulgas DNA metülatsiooniga, mis on raku fenotüübi kujunemiseks oluline keemiline modifikatsioon. Identifitseerisime sellised DNA positsioonid, mille metülatsiooni põhjal saime luua CD8+ TEMRA rakkude taset ennustava mudeli, mis võiks olla kasulik inimese tervisliku seisundi hindamisel.

Ka teises doktoritöösse kaasatud uuringus keskendusime T-rakkudele, kuid sel korral DNA metülatsiooni võrdlemisele konventsionaalsete ja immuunvastust supresseerivate regulatoorsete T-rakkude vahel. Leidsime tuhandeid positsioone DNA-s, mille puhul olid need rakutüübid erinevalt metüleeritud, kuid lisaks leidsime ka erinevuse Gravesi tõve riskilookuses. Kuigi me ei suutnud välja selgitada, kuidas võiks see regioon osaleda Gravesi tõve väljakujunemisel, siis loodame, et meie töö inspireerib teisi välja selgitama, kas regioonil on mõju regulatoorsete T-rakkude fenotüübile.

Kolmandas artiklis uurisime T-raku arengus olulisi tüümuse säsi epiteelrakke. Meie analüüs näitas, et antud rakutüüp diferentseerub sarnaselt keratinotsüütidega ning selle hilisemad staadiumid võiksid olla tähtsad tüümuses normaalse põletikulise keskkonna loomisel, mis on T-rakkude arengu jaoks oluline. 

Kahes viimases artiklis andsime panuse COVID-19 uurimisse. Analüüs näitas, et iseäranis on just raske COVID-19 kulg seotud apoptootiliste signaaliradadega. Lisaks leidsime, et isegi asümptomaatilistel inimestel võib SARS-CoV-2 infektsioon kaasa tuua pikaajalise põletikuliste valkude taseme tõusu.